Odlišit rozdíl mezi migrenózní aurou a cévní mozkovou příhodou (mrtvicí) je poměrně složité i pro odborníky. Zejména v případě první migrenózní aury a takzvané tranzitorní ischemické ataky (pro kterou se používá zkratka TIA a jde o jakési  varování, že by v budoucnu mohla přijít cévní mozková příhoda). Obě nemoci se mohou projevovat výpadkem neurologických funkcí (řeč, hybnost, zrak, kožní čití atp.) v trvání asi do 15 minut. Po migrenózní auře však následuje do 60 minut rozvoj migrény. Po TlA nenásleduje bolest, může však proběhnout další mozková ischemie, která již nemusí odeznít. Každý pacient po první takové příhodě v životě by měl být kompletně vyšetřen neurologem. Pokud je stav uzavřen jako migrenózní aura a později dojde k jeho opakování, pacient již k lékaři nemusí. Pouze když příznaky aury trvají více než 60 minut, je nutné ihned volat záchrannou zdravotní službu. Může jít o takzvaný migrenózní infarkt, naštěstí velmi vzácný.