Mezi příčiny vzniku deprese může patřit genetická porucha, porucha přenašečů (neurotransmitterů) v mozku, které se uplatňují v regulaci nálady (jedná se o nedostatek serotoninu, dopaminu a noradrenalinu v centrálním nervovém systému). Deprese může doprovázet některá chronická  onemocnění, jako jsou například poruchy štítné žlázy, onkologická onemocnění, cukrovka, onemocnění nervového systému (roztroušená skleróza, stav po cévní mozkové příhodě, Parkinsonova nemoc či Alzheimerova demence).

S depresí se často setkáváme u seniorů, u nichž je obvykle způsobena samotou, špatnou pohyblivostí (a tím i vyčleněním ze společnosti) a přítomností více chorob současně, zvláště pokud tyto choroby nejsou adekvátně léčeny. Také některé léky můžou zvyšovat výskyt poruch nálady, například antikoncepce, některá léčiva tlumící bolest (indornetacin),  dlouhodobé podávání kortikoidů, léky užívané při nespavosti a jejich náhlé vysazení.